肠道微生物群在免疫稳态和自身免疫中的作用, 对身体健康至关重要。正常的肠道菌群保持免疫系统的微妙平衡，同时保持自我耐受以避免自身免疫。胃肠道菌群通过调节免疫稳态为宿主提供了基本的健康益处。肠道菌群改变会导致免疫失调，导致自身免疫性疾病。肠道微生物与人体免疫系统的相互作用，有助于我们了解自身免疫性疾病的发病机制，而且也将为设计新型的免疫或微生物疗法提供新的基础